Adalar, tarih boyunca çeşitli medeniyetlerin izlerini taşıyan önemli bir yerleşim alanıdır. Antik dönemden günümüze kadar birçok kültür ve inanç sistemine ev sahipliği yapmış olan bu bölgeler, hem doğal güzellikleri hem de tarihî dokusuyla dikkat çekmektedir. Özellikle Bizans ve Osmanlı dönemlerinde stratejik bir konumda bulunmaları, onların tarihsel önemini artırmış ve çeşitli olaylara sahne olmalarına neden olmuştur.

Adaların tarihi hakkında bilinenler şunlardır:

• Antik dönem: Adalar, Antik dönemde "Halkın Adaları" (Demonisia) olarak anılmıştır.
• Bizans dönemi: Bizans döneminde adalar, keşiş manastırları nedeniyle "Papadonisia" olarak anılmaya başlanmıştır. İmparator II. Justin, 569 yılında adaların en büyüğünde kendisine manastır ve saray inşa ettirmiştir. Bu adanın adı, imparatorun buraya yerleşmesiyle "Prinkipo" (Prens'in Adası) olarak anılmaya başlanmıştır.
• Osmanlı dönemi: Osmanlı döneminde adalar, güvenli bir bölge olarak kabul edilmiştir. Ancak, İngiliz donanmasının Çanakkale Boğazı’ndan Marmara Denizi’ne geçmeye çalışırken Kınalıada’da demirleyip, burayı 10 gün boyunca bombalaması gibi olaylar yaşanmıştır.
• Cumhuriyet dönemi: Cumhuriyet'in İlanı'ndan sonra adalar, Mustafa Kemal Atatürk ve Cumhuriyet Halk Partisi ileri gelenlerinin ilgisiyle yeniden canlılık kazanmıştır.

Adaların 2000 yıllık bir tarihe sahip olduğu bilinmektedir.