Afyonkarahisar Müzesi, Apameia Antik Kenti'nde gerçekleştirilen kazılarda kritik bir görev üstlenmektedir. Bu müze, hem yerel hem de ulusal düzeyde arkeolojik araştırmalara katkıda bulunarak, bölgenin tarihi mirasını gün yüzüne çıkarmaktadır. Ayrıca, kazı süreçlerinde yer alan akademik işbirlikleri ve projeler, bu antik kentin geçmişine dair önemli bilgiler sunmaktadır.

Afyonkarahisar Müzesi, Apameia Antik Kenti kazılarında kazı ve yüzey araştırmalarının yürütülmesinde önemli bir rol oynamaktadır. 2017 yılından itibaren, Kültür ve Turizm Bakanlığı izni ile Afyonkarahisar İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü tarafından yürütülen kazılarda, Afyonkarahisar Müze Müdürü Mevlüt Üyümez başkanlık yapmaktadır. Müze, Afyon Kocatepe Üniversitesi Arkeoloji Bölümü’nün bilimsel desteğiyle, özellikle Apameia Tiyatrosu’ndaki kurtarma kazılarını yürütmektedir. Ayrıca, müzenin, kazılarda elde edilen mimari blokların sergilenmesi için "Arkeopark" projesi gibi çalışmaları da bulunmaktadır.