Alacahisar Kilisesi'nin yapım tarihi, çeşitli faktörler nedeniyle kesinlik taşımamaktadır. Tarih boyunca yaşanan doğal afetler ve insan etkileri, yapının sağlam kalmasına engel olmuştur. Ayrıca, mimari unsurların eksikliği ve çevresindeki diğer yapılarla kıyaslama zorluğu, tarihsel bağlamda net bir zaman dilimi belirlemeyi güçleştirmiştir. Bu belirsizlik, Alacahisar Kilisesi'nin tarihi ve kültürel önemi açısından önemli bir tartışma konusunu da beraberinde getirmektedir.

Alacahisar Kilisesi'nin yapım tarihinin belirsiz olmasının birkaç nedeni vardır:

• Yetersiz bilgi: Kiliseye ait mimari plastik elemanlar ve plan net bir şekilde belirlenememiştir.
• Erozyon ve yıkım: Kilisenin batıdaki duvarları yıkılmış, çevre yapılara ait kalıntılar dağılmıştır.
• Karşılaştırma zorlukları: Çevredeki diğer yapılarla yapılan karşılaştırmalarda kesin sonuçlara ulaşılamamaktadır.

Yapılan tahminlere göre kilise, yaklaşık 6. yüzyıla tarihlendirilmektedir.