Akvaryum Koyu, doğal güzellikleri ve ekosistemi ile dikkat çeken bir alan olarak yapılaşmadan korunmanın önemli örneklerinden biridir. Öncelikle, bu bölge, çevre koruma yasaları tarafından korunan bir doğal sit alanı olarak kabul edilmektedir. Bunun yanı sıra, ekolojik dengenin korunmasına yönelik hassasiyeti, koyun doğal bitki örtüsü ve deniz yaşamı ile olan ilişkisi, burada yapılaşmayı engelleyen temel unsurlar arasında yer alır. Ayrıca, koyun halka açık bir plaj olarak kullanımının teşvik edilmesi, bu alanın korunmasına katkı sağlamaktadır.

Akvaryum Koyu'nun yapılaşmadan korunmasının birkaç nedeni vardır:

• Doğal Sit Alanı Statüsü: Akvaryum Koyu, doğal bir sit alanı olarak kabul edilir. Bu tür alanlar, çevre koruma yasaları gereği yapılaşmaya kapalı tutulur.
• Ekolojik Hassasiyet: Koy, doğal bitki örtüsü ve su altı yaşamıyla dikkat çeker. Yapılaşma, bu ekolojik dengeyi bozabilir.
• Halka Açık Kullanım: Bazı kaynaklar, koyun halka açık bir plaj olarak korunması gerektiğini belirtir.

Ayrıca, Bozcaada'daki Akvaryum Koyu'nda, mülk sahibinin ek turizm projeleri için imar izni alamaması da yapılaşmayı engellemiştir.