Akşehir Gölü çevresindeki ekosistem, zamanla yaşanan iklim değişiklikleri ve insan etkileri nedeniyle önemli evrimler geçirmiştir. Bu süreçte, hem bitki örtüsü hem de hayvan türleri üzerinde ciddi değişiklikler meydana gelmiştir. Gölün kuruma süreci, doğal yaşam alanlarını tehdit ederek, biyoçeşitliliğin azalmasına yol açmıştır. Bu durum, hem yerel hem de bölgesel ekosistem dengelerini sarsmıştır.

Akşehir Gölü çevresindeki flora ve fauna, gölün kuruması ve çevresel faktörler nedeniyle önemli değişiklikler geçirmiştir. Flora değişiklikleri:

• Gölün büyük kısmı, bodur ağaçlar ve yaban bitkilerinin yetiştiği bir çöle dönüşmüştür.
• Kıyılarda tatlı su kaynaklarının bolluğu, suyun tatlılaşmasını sağlarken, orta kesimlerde ve kuzeydoğuda tuzluluk belirginleşmiştir.

Fauna değişiklikleri:

• Sazan ve turna gibi ticari değeri olan balıkların yanı sıra beş balık türü daha yok olmuştur.
• Ornitolojik önemi büyük olan Akşehir Gölü'nde, Eber Gölü'nde üreyen, beslenen ve konaklayan kuş türleri de artık görülmemektedir.
• Mikroskobik canlılar üzerine yapılan araştırmalar, bu türlerin de gölde artık bulunmadığını ortaya koymuştur.

Akşehir Gölü, 2025 yılı itibarıyla tamamen kurumuştur.